监测数据不完整，系统性较差：在污染源的监督监测与防治的整个工作里面，监测数据的作用是十分关键的。现在很多监督检测部门的能力存在很多缺陷；在监测的频次上，也比较少；还有监测的系统性不好，导致了监测数据不是那么完整，很多比较的指标没有一个十分有效的数据参考。 对污染源监督监测工作重视度较低：相当一部分环境监督监测单位在对污染源的监督监测上，都没有给予足够的重视，大多情况下都是问题出现了以后，才想办法去把它解决掉，而不是未雨绸缪，早做预防。有部分监测人员的判断、识别能力都不足，也没有很强的工作积极性，这都使得监督监测工作的有效开展受到了很大影响。 质控技术落后，信息化水平不高：现在大量的监测站在管理数据的时候，还是手工操作，或者用单机处理方式，数据的集中程度不够，数据质量也不高，有序化利用的程度也不高，导致现在信息资源的开发利用上，水平是相当落后的；监测指标缺乏全面性。对于pH、SO2、氨氮、NOx、COD、TP、烟尘等监测指标，因为存在监测技术的因素，很多具有特征性的指标要想被有效监督监测出来都比较困难；存在比较多的设备型号，还有各种不一样的检测方法，形成了难度不小的运维工作；对于数据的质量没有很好的控制，导致数据缺乏有效性；数据认定比较困难。因为和在线监测比较起来，手工监测通常存在技术条件和运维人员的干扰因素，导致经常出现数据缺失或者异常的情况。 监督监测体系建设及管理模式有待于完善：一般在线监控监测系统的建设与管理模式包含三类：一是由政府出资交给第三方进行运营；二是政府进行监控，利用市场融资的方式进行运营；三是企业进行出资，而政府则适当的给予补贴，运营则是交给第三方公司。以东莞市为例的话，主要采用的为上述的第3种模式，即由企业来出资，通过政府的适当补贴，主要由第三方公司来运营。东莞市现在就是采用第三种模式，它有一个比较大的问题，即企业比较抵触，导致经常有故意干扰或破坏在线仪的情况发生。因此，现在急需完善污染源的监督监测体系建设及管理模式。
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