细菌根据生理作用分类，碳水化合物分解细菌一菜分解糖、淀粉、纤维素等；氨化细菌分解含N有机化合物中的N素；硝化细菌总始氨经硝化细菌作用转化为亚硝酸，然后转化为硝酸；反硝化细菌一硝态氨在反硝化细菌作用下，使硝酸还原成还原态氮；固N细菌从大气中固定N素合成含N化合物。根据营养方式分类:分为自养和异养细菌，在异养方式中分好氧和厌氧型细菌。 真菌对酸度的适应范围较宽,在pH<4时也能生长。在森林土壤和酸性环境中，是分解土壤有机质的主要微生物类群。有些真菌能在一些根上发育,共同发育成菌根。根据菌根的形态结构，可分为外生菌根和内生菌根。放线菌属单细胞微生物，在土壤中以菌丝体存在，大量出现在分解的有机物上。有些嗜热性的放线菌属能耐高温,普遍存在于土壤肥料及发热的干草和堆肥中。在已知的放线菌中,约有50%能产生抗生素,具有抑制其他细菌的能力。 藻类是含叶绿素的低等植物，有些能进行光合作用，自身合成有机质,主要生活在土壤表层。地表藻类能够和土壤颗粒黏结在一起,增加土壤表面的强度，可使土壤侵蚀明显减轻。另外蓝绿藻可固定N素。土壤生物的主要作用是转化土壤有机质。具体表现在：对进人土壤的生命残体和其他有机物质将其转化为肉眼不能直接看到的普通有机质;使土壤普通有机质进一步转化为无机物或有机物，如矿质化或腐殖化。
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